Nel processo di fabbricazione dei CCD si possono formare certi difetti nella struttura. Questi difetti sono le cause di "intrappolamenti" delle cariche, cioè si vengono a formare delle trappole per le cariche. Quando un elettrone incontra una trappola, ci rimane per un certo tempo e successivamente viene rilasciato. In questa figura sono riportati i due tipi di difetti che si possono avere:
uno dovuto al materiale (si vengono a formare dei "livelli trappola" dove gli elettroni possono saltare, non arrivando così alla banda di conduzione);
l'altro dovuto a difetti nella realizzazione dell'elettrodo. In questo caso si vengono a formare delle piccole barriere di potenziale che impediscono alle cariche di fluire facilmente.